Clostridia

Clostridia
	Clostridium botulinum
Ilmiy tasnifi
Olam:	Bacteria
Boʻlim:	Bacillota
Sinf:	Clostridia; ; Rainey 2010
Sinfga oid urugʻlar
	„Borkfalkiales“; Clostridiales; „Desulfotomaculales“; Eubacteriales; Halanaerobiales; „Heliobacteriales“; Koleobacterales; Moorellales; Natranaerobiales; Thermoanaerobacteriales; Thermosediminibacterales; Tissierellales;
Sinonimlari
	„Clostridiia“ Cavalier-Smith 2020; „Halanaerobiia“ Cavalier-Smith 2020; „Desulfotomaculia“ Watanabe et al. 2019; „Natranaerobiia“ Sorokin et al. 2021;

Clostridia - Bacillota sinfining yuqori polifiletik turi boʻlib, shu jumladan Clostridium va boshqa shunga oʻxshash avlodlarga mansub tur hisoblanadi. Ular Batsillalar guruhidan aerob nafas olish yoʻqligi bilan ajralib turadi. Ular majburiy anaeroblar boʻlib, kislorod ular uchun juda zaharli hisoblanadi. Clostridia sinfining turlari koʻpincha Gram-musbat (qarang Halanaerobium) boʻladi (lekin har doim ham emas) va noqulay sharoitlarda spora hosil qilish qobiliyatiga ega^[1]. Tadqiqotlar shuni koʻrsatadiki, ular monofiletik guruh hisoblanmaydi va ularning biologik munosabatlari toʻliq aniqlangan emas. Hozirgi vaqtda koʻpchilik Clostridiales deb nomlangan bakteriyalar yagona tartibda joylashtirilgan, ammo bu tabiiy guruh emas va kelajakda qayta taʼriflanishi mumkin.

Clostridium bakteriyalarining aksariyat turlari oʻsimlik polisaxaridlarini^[2] achituvchi saprofit organizmlar boʻlib, atrof-muhitning koʻp joylarida, ayniqsa tuproqda uchraydi. Biroq, baʼzi turlari inson organizmida patogenlik qiluvchi vakillari mavjud (quyida keltirilgan). Clostridium turlarining baʼzi bir vakillari maxsus aʼzolari tomonidan ishlab chiqarilgan toksinlari eng xavfli toksinlar hisoblanadi. Masalan, C. tetani turi tomonidan ishlab chiqarilgan qoqshol toksini (tetanospazmin nomi sifatida tanilgan) va C. botulinum tomonidan ishlab chiqarilgan botulinum toksini shular jumlasidandir. Baʼzi turlari bakterial vaginoz ayollar jinsiy a'zolaridan ajratib olingan^[3].

Turlari

Ushbu sinfga mansub boʻlgan mashhur turlari:

Clostridium perfringens (gangrena, ovqatdan zaharlanish)
Clostridioides difficile (psevdomembranoz kolit)
Clostridium tetani (tetanoz)
Clostridium botulinum (botulizm)
Clostridium acetobutylicum (aseton-butanol-etanol fermentatsiyasi yoki ABE jarayoni)
Clostridium gemolyticum
Clostridium novyi (gazli gangrena, yuqumli nekrotik gepatit)
- Clostridium oedematiens (Clostridium novyi sinonimi)
Clostridium phytofermentans (biomassa fermentatsiyasi)

Geliobakteriyalar (Helicobactery) va Kristensenellalar kabi vakillari ham Clostridia sinfiga kiradi.

Ushbu guruhga mansub boʻlgan turlari tomonidan ishlab chiqarilgan baʼzi fermentlar bioremediasyon amaliyotida qoʻllanadi.

Tasnifi

Hozirgi vaqtda qabul qilingan taksonomiyaga koʻra nomenklaturada (List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature)(LPSN)^[4] va Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (inglizcha: National Center for Biotechnology Information) (NCBI) bilan prokariotik nomlar roʻyxatiga asoslangan holda shajarasi tuzilgan^[5].

16S-rRNA asosidagi tasnif: LTP_01.2022^[6]^[7]^[8]

Genom taksonomiyasi maʼlumotlar bazasi: GTDB 07-RS207 tomonidan yaratilgan tasni^[9]^[10]^[11]

	Dictyoglomota

	"Caldicellulosiruptorales"

	"Thermosediminibacteria" [incl. "Ammonificales", DSM-22653]

	"Thermoanaerobacteria" [incl. Thermanaeromonas, Desulfovirgula]

Firmicutes 2 ♦

	"Sulfobacillia"

	"Thermaerobacteria"

	"Carboxydothermales"

	"Thermacetogeniales"

Moorellales {"Moorellia"}

	"Calderihabitantales"

	"Koleobacterales"

Zhaonellaceae

	"Desulfitibacterales"

	"Syntrophomonadia"

Gelria ♦

	"Symbiobacteriia" ♦

	Actinomycetota

Nitrospirota

	"Thermodesulfobiota" ♦

	Elusimicrobiota

	"Halanaerobiia" ♦

	Acidobacteriota

	Chitinivibrionia

	"Planctobacteria

"Firmicutes" 1 ♦

	Thermolithobacteria

	"Carboxydocellales"

	"Thermincolia"

	"Desulfofundulaceae"

	UBA4882

	"Selenomonadia"

	"Dethiobacteria"

	"Natranaerobiia"

Fusobacteria {Fusobacteriota}

Mycoplasmatota

	Acholeplasmatales

	Erysipelotrichia

Mollicutes

Bacilliia {Bacillota s.s.}

"Clostridiia" s.s. (incl. Tissierellia)

♦ Paraphyletic "Clostridiia"

Firmicutes E ♦

"Symbiobacteriia"

	"Thermaerobacteria"

	"Sulfobacillia"

Firmicutes G

	Limnochordia

	UBA4882

Bacillota s.s.

"Bacillia" (incl. Erysipelotrichia, Mollicutes)

"Selenobacteria"

Selenomonadia

"Desulfotomaculota" ♦

	"Carboxydocellales" {GCA-003054495}

	"Carboxydothermales" {Z-2901}

	"Thermincolia"

	"Desulfotomaculia"

	"Moorellia"

	"Syntrophomonadia"

"Dehalobacteriia"

	"Peptococcia"

	"Desulfitobacteriia"

Firmicutes D ♦

"Proteinivoracia"

	"Dethiobacteria"

	"Natranaerobiia"

"Halanaerobiaeota"

"Halanaerobiia" ♦

Firmicutes A ♦

"Thermosediminibacteria"

	"Thermoanaerobacteria"

	Clostridiia s.s. (incl. Tissierellia)

Epidemiologiyasi

Ular odatda tuproqda, odamlar va hayvonlar organizmining mikroflorasida mavjudligi sababli, Clostridia vakillari keltirib chiqaradigan yaralar va infeksiyalar butun dunyoda keng tarqalgan. Mikrobga qarshi xos boʻlgan himoyasi tizimi deyarli mavjud emas, agar mavjud boʻlsa, juda kam hollarda organizmga tushganda tug'ma immunitet hosil boʻladi. Klostridiyani toʻqimalarning Gramm usuli boʻyash bilan boʻyalishi va bakterial xususiyati bilan birga ular keltirib chiqarigan infeksiya jarayonining xususiyatlarini tanib olish orqali tashxis qoʻyish mumkin^[12]. Organizmning oʻzi ushbu bakteriyalarga yetarli himoyaga ega boʻlmasa-da, bu mikrobni penitsillin kabi antibiotiklar va ogʻirroq holatlarda toʻqimalarni tozalash orqali nazorat qilish mumkin.

Klostridiya patogenezi

Clostridia bakteriyalari odatda ichak mikroflorasida topiladi. Antibiotiklarni haddan tashqari qabul qilish ichak mikroflorasining nomutanosibligiga olib kelishi mumkin va bu esa jiddiy infeksiyani (CDI) keltirib chiqarishiga sabab boʻladigan Clostridioides difficile turlarining haddan tashqari koʻpayishiga olib keladi^[13]. Ushbu infeksiyaning patogen taʼsiri kuchli diareyaga olib kelishi mumkin, shuningdek, infeksiya natijasida ichak bilan bogʻliq koʻplab kasalliklarning koʻpayish ketishiga sabab boʻladi^[14].

CDIni davolash maqsadida qabul qilgan bemorlarda ichak mikrofloralari yaxshilanganligi va najas tahlil keyinchalik salbiy boʻlgani kuzatiladi. Ushbu guruh bakteriyalariga xos yana bir xususiyat ular bemor kayfiyatiga sezilarli taʼsir qiladi^[15]. Ushbu dastlabki tadqiqot ichak mikroflorasida Clostridia mavjudligi va umumiy ruhiy salomatlik oʻrtasidagi taxminiy bogʻliqlikni koʻrsatadi. Ichak mikrofloralarini transplantatsiya qilish baʼzi psixiatrik kasalliklarni davolashning yangi usullari boʻyicha kelajakdagi tadqiqotlar yoʻli sifatida qaralmoqda.

Yana qarang

Bakterial vaginoz mikrobiota roʻyxati
Bakterial buyurtmalar roʻyxati
Bakteriyalar avlodlari roʻyxati

Manbalar

↑ name="Clostridia: Sporeforming Anaerobic Bacilli">Baron, Samuel. Medical Microbiology, 4th, Galveston: Universirt of Texas Medical Branch, 1996. ISBN 0-9631172-1-1.
↑ Boutard, Magali; Cerisy, Tristan; Nogue, Pierre-Yves (2014). „Functional diversity of carbohydrate-active enzymes enabling a bacterium to ferment plant biomass“. PLOS Genetics. 10-jild, № 11. e1004773-bet. doi:10.1371/journal.pgen.1004773. PMC 4230839. PMID 25393313.
↑ Africa, Charlene; Nel, Janske; Stemmet, Megan (2014). „Anaerobes and Bacterial Vaginosis in Pregnancy: Virulence Factors Contributing to Vaginal Colonisation“. International Journal of Environmental Research and Public Health. 11-jild, № 7. 6979–7000-bet. doi:10.3390/ijerph110706979. ISSN 1660-4601. PMC 4113856. PMID 25014248.
↑ J. P. Euzéby. „Clostridia“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ Sayers. „Clostridia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „The LTP“. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „LTP_all tree in newick format“. 4-sentabr 2022-yilda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „LTP_01_2022 Release Notes“. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „bac120_r207.sp_labels“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.
↑ Baron, Samuel. Medical Microbiology, 4th, Galveston: Universirt of Texas Medical Branch, 1996. ISBN 0-9631172-1-1. Baron, Samuel (1996). Medical Microbiology (4th ed.). Galveston: Universirt of Texas Medical Branch. ISBN 0-9631172-1-1.
↑ Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). „The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection“. Alimentary Pharmacology & Therapeutics (inglizcha). 47-jild, № 3. 371–379-bet. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.
↑ Labus, Jennifer S.; Hsiao, Elaine; Tap, Julien; Derrien, Muriel; Gupta, Arpana; Le Nevé, Boris; Brazeilles, Rémi; Grinsvall, Cecilia; Ohman, Lena (2017). „Clostridia from the Gut Microbiome are Associated with Brain Functional Connectivity and Evoked Symptoms in IBS“. Gastroenterology. 152-jild, № 5. S40-bet. doi:10.1016/S0016-5085(17)30496-1.
↑ name=":0">Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). „The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection“. Alimentary Pharmacology & Therapeutics (inglizcha). 47-jild, № 3. 371–379-bet. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). "The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection". Alimentary Pharmacology & Therapeutics. 47 (3): 371-379. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.

Havolalar

Clostridium klasterining mos yozuvlar ketma-ketligi

[1] ="Clostridia: Sporeforming Anaerobic Bacilli">Baron, Samuel. Medical Microbiology, 4th, Galveston: Universirt of Texas Medical Branch, 1996. ISBN 0-9631172-1-1.

[Boutard2014-2] Boutard, Magali; Cerisy, Tristan; Nogue, Pierre-Yves (2014). „Functional diversity of carbohydrate-active enzymes enabling a bacterium to ferment plant biomass“. PLOS Genetics. 10-jild, № 11. e1004773-bet. doi:10.1371/journal.pgen.1004773. PMC 4230839. PMID 25393313.

[AfricaNel2014-3] Africa, Charlene; Nel, Janske; Stemmet, Megan (2014). „Anaerobes and Bacterial Vaginosis in Pregnancy: Virulence Factors Contributing to Vaginal Colonisation“. International Journal of Environmental Research and Public Health. 11-jild, № 7. 6979–7000-bet. doi:10.3390/ijerph110706979. ISSN 1660-4601. PMC 4113856. PMID 25014248.

[4] J. P. Euzéby. „Clostridia“. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[5] Sayers. „Clostridia“. National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[6] „The LTP“. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[7] „LTP_all tree in newick format“. 4-sentabr 2022-yilda asl nusxadan arxivlangan. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[8] „LTP_01_2022 Release Notes“. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[about-9] „GTDB release 07-RS207“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[tree-10] „bac120_r207.sp_labels“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[taxon_history-11] „Taxon History“. Genome Taxonomy Database. Qaraldi: 20-iyun 2022-yil.

[Clostridia:_Sporeforming_Anaerobic_Bacilli-12] Baron, Samuel. Medical Microbiology, 4th, Galveston: Universirt of Texas Medical Branch, 1996. ISBN 0-9631172-1-1. Baron, Samuel (1996). Medical Microbiology (4th ed.). Galveston: Universirt of Texas Medical Branch. ISBN 0-9631172-1-1.

[:0-13] Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). „The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection“. Alimentary Pharmacology & Therapeutics (inglizcha). 47-jild, № 3. 371–379-bet. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.

[14] Labus, Jennifer S.; Hsiao, Elaine; Tap, Julien; Derrien, Muriel; Gupta, Arpana; Le Nevé, Boris; Brazeilles, Rémi; Grinsvall, Cecilia; Ohman, Lena (2017). „Clostridia from the Gut Microbiome are Associated with Brain Functional Connectivity and Evoked Symptoms in IBS“. Gastroenterology. 152-jild, № 5. S40-bet. doi:10.1016/S0016-5085(17)30496-1.

[15] =":0">Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). „The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection“. Alimentary Pharmacology & Therapeutics (inglizcha). 47-jild, № 3. 371–379-bet. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.Jalanka, J.; Hillamaa, A.; Satokari, R.; Mattila, E.; Anttila, V.-J.; Arkkila, P. (2018). "The long-term effects of faecal microbiota transplantation for gastrointestinal symptoms and general health in patients with recurrent Clostridium difficile infection". Alimentary Pharmacology & Therapeutics. 47 (3): 371-379. doi:10.1111/apt.14443. ISSN 1365-2036. PMID 29226561.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]


Kenja turkum:	Clostridia